Balzhausen wurde im Jahr 956 erstmals urkundlich erwähnt. Seit dem Mittelalter war die Markgrafschaft Burgau Landesherr, zu der die örtliche Herrschaft Seifriedsberg gehörte. Balzhausen gehörte den Grafen Oettingen-Wallerstein. Es handelt sich um einen Teil der seit 1751 Oettingschen Herrschaft Seifriedsberg. Mit der Rheinbundakte 1806 kam der Ort zu Bayern. Im Zuge der Verwaltungsreformen in Bayern entstand mit dem Gemeindeedikt von 1818 die heutige Gemeinde.